Dolina Dolnej Wisły
Na odcinku od Włocławka do Przegaliny rozciąga się obszar specjalnej ochrony – „Dolina Dolnej Wisły” wyznaczony na podstawie Dyrektywy Rady 79/409/EWG z dn. 2 kwietnia 1979 r. w sprawie ochrony dzikich ptaków. Na tym terenie Wisła zachowuje naturalny charakter. Płynie powoli, naturalnym korytem obfitującym w namuliska, wysepki i piaszczyste łachy. W pobliżu rzeki znajdują się liczne starorzecza oraz torfowiska niskie. Brzegi porośnięte są zaroślami wierzbowymi i łęgami, występują także pola uprawne i pastwiska. Skarpy rzeczne są doskonałym miejscem do rozwoju muraw kserotermicznych oraz grądów zboczowych. Gatunki ptaków, których liczebność kwalifikuje ostoję do międzynarodowej ostoi ptaków (tzw. Gatunki kwalifikujące): Gągoł, Derkacz, Rybitwa białoczelna, Zimorodek. Inne gatunki ptaków wymienione w załączniku I Dyrektywy Ptasiej, stwierdzone w ostoi: Nur rdzawoszyi, Nur czarnoszyi, Bąk, Czapla nadobna, Czapla biała, Bocian czarny, Bocian biały, Łabędź czarnodzioby, Łabędź krzykliwy, Bernikla białolica, Bielaczek, Trzmielojad, Kania czarna, Kania ruda, Bielik, Błotniak zbożowy, Błotniak łąkowy, Rybołów, Pustułeczka, Drzemlik, Zielonka, Żuraw, Szablodziób, Siewka złota, Batalion, Szlamnik, Łęczak, Terekia, Mewa czarnogłowa, Mewa mała, Rybitwa wielkodzioba, Rybitwa rzeczna, Rybitwa białowąsa, Rybitwa czarna, Zimorodek, Kraska, Dzięcioł czarny, Dzięcioł średni, Świergotek polny, Pokrzewka jarzębata, Gąsiorek.

Gniewski obszar chronionego krajobrazu
Gniewski OChK obejmuje obszar gminy Gniew i tereny gmin Morzeszczyn i Pelplin. Został utworzony Rozporządzeniem nr 5 Wojewody Gdańskiego z dnia 08.11.1994 r. w celu ochrony obszarów cennych przyrodniczo. Obszar ten zajmuje powierzchnię 2 586 ha i obejmuje końcowy odcinek doliny rzeki Wierzycy od Janiszewa (gm. Pelplin) do ujścia do Wisły. Oprócz doliny Wierzycy występują tu fragmenty silnie sfalowanej, zalesionej wysoczyzny morenowej. Główną wartość przyrodniczą obszaru stanowi dolina rzeczna z całym zestawem elementów morfologicznych i ze zróżnicowanymi zbiorowiskami roślinności. Szczególnie istotna jest rola doliny jako tzw. korytarza ekologicznego.

Nadwiślański obszar chronionego krajobrazu o powierzchni ogólnej 4676 ha. Obszar położony jest w zasięgu terytorialnym nadleśnictwa w Obrębie Pelplin i obejmuje część doliny Wisły oraz leżące wyżej tereny pojezierne. Występują tu znaczne deniwelacje, rozcięcia erozyjne urozmaicające rzeźbę terenu. Większość obszaru pokrywają lasy w przewadze sosnowe, często w zmieszaniu z innymi gatunkami zarówno iglastymi jak i liściastymi. Spotkać tu można roślinność stepową o charakterze kserotermicznym wskazującą na wyjątkowe warunki klimatyczne tego obszaru.

Rezerwaty:

Opalenie
Rezerwat powstał w 2013 r. na mocy rozporządzenia nr 23/2013 RDOŚ w Gdańsku, w wyniku połączenia dwóch rezerwatów „Opalenie Dolne” i „Opalenie Górne”. Obejmuje niewielki fragment dna doliny Strugi Młyńskiej i podnóża zboczy tej doliny. Zajmuje powierzchnię 8,61km.
Celem ochrony w rezerwacie jest zachowanie fragmentu grądu subkontynentalnego Tilio-Carpinetum z cennymi gatunkami roślin, w szczególności bardzo rzadkiego w Polsce groszku wielkoprzylistkowego Lathyrus pisiformis.

Wiosło Małe i Wiosło Duże
Położone są na pograniczu Pojezierza Starogardzkiego i Doliny Kwidzyńskiej na skarpie wiślanej w Leśnictwie Dębiny. Ochrona zostały objęte występujące tu rośliny ciepłolubne oraz formacje roślin leśno-stepowych.
Tereny chroniony zajmuje około 55 ha, na których dominuje grad i dąb, ale nie brak gatunków ściśle chronionych takich jak: sasanka łąkowa, skrzyp olbrzymi, czy pływająca paproć – salwinia. Oprócz wartości botanicznych rezerwaty posiadają również duże walory krajobrazowe. Malowniczość krajobrazu pradoliny Wisły można podziwiać zarówno od strony terenów zalewowych, obserwując pokrytą bujną roślinnością stromą skarpę wiślaną, jak również ze ścieżki na wale, z której widać rozległą panoramę kompleksu łąk i zarośli ze starorzeczami i przeciwległym brzegiem Wisły.